У меня (Quartus 9.0), если отключить опции Program/Configure и Verify, Erase становится доступен.
При этом должен быть выбран какой-нибудь файл для программирования.
Сборочный для монтажа, слесарей и технологов, а расположение для регулировщиков и эксплуатации.
Раньше у нас расположение делали последним листом к принципиальной схеме.