Git фактически делает санпшоты файлов проекта и пишет историю, можно создавать и отслеживать разные версии проекта, если он начал ветвиться. У алтиума двоичные файлы и поэтому git с ними он работает не очень эффективно, но большое достоинство этих систем в том, что можно параллельно с сохраняемыми файлами вести различные записи привязанные к этим файлам, можно в процессе добавлять другие файлы и т.д.
Я пробовал вести в git проекты, в altium 17 в принципе получалось - главное, чтобы файлы сохранялись в текстовом виде(надо выбрать сохранение в Schematic ascii и всегда подтверждать этот формат), тогда можно отследить появление элементов в схеме)
