Со Spartan2, как справедливо заметил ishergin проблем у Вас не будет, а вот при использовании Spartan2E, если на PCI есть 5В сигналы и если у Вас маломощный источник +3,3V, то на указанной цепи питания Вы можете вдруг обнаружить напряжения порядка 4В.