Смотрю с планшетника, поэтому .pcb не могу открыть, только картинки.
По картинке - одна из распространенных ошибок разводки - расположение микроконтроллера в центре платы, а вокруг - силовые компоненты. Долго рассказывать всё это, но если в двух словах, то такая разводка является прямо-таки сборником всевозможных проблем, как электрических, так и электромагнитных, к сожалению. И ничего удивительного, что происходят сбои.
Если делать по уму, то микроконтроллер должен быть отделен от силовых релюшек и расположен в одной стороне платы, а релюшки - в другой. Земляной полигон с обеих сторон платы должен отделять область микроконтроллера от области релюшек.