controller_m30 1 2 ноября, 2019 Опубликовано 2 ноября, 2019 · Жалоба А в чём принцип очистки ячеек напряжением обратной полярности? Что при этом происходит? Цепочка ДНК должна "вылезти" назад? Или в цепочке что-то разрушается до такого состояния, что ячейка становится пригодной (предположительно) для нового использования, без извлечения остатков прошлой цепи? Цитата Поделиться сообщением Ссылка на сообщение Поделиться на другие сайты Поделиться
genseq 0 2 ноября, 2019 Опубликовано 2 ноября, 2019 (изменено) · Жалоба 47 минут назад, controller_m30 сказал: в чём принцип очистки ячеек напряжением обратной полярности? Что при этом происходит? Цепочка ДНК должна "вылезти" назад? Или в цепочке что-то разрушается до такого состояния, что ячейка становится пригодной (предположительно) для нового использования, без извлечения остатков прошлой цепи? Причины могут быть разные, но в качестве основной рассматривается затыкание ячеек двунитевой ДНК (не имеющей на концах адапторов). Диаметр двойной спирали слишком велик для дырочки, через которую с трудом протискивается однонитевая ДНК. Поэтому периодическое включение обратной полярности очищает нанопоры от этих затычек и повышает общую производительность секвенатора. Ещё смена полярности помогает повысить количество лунок с одиночными нанопорами (пригодных для секвенирования), поскольку прямая полярность улучшает встраивание пор в БЛМ, а обратная (включаемая после встраивания одной поры) стопорит встройку излишних пор. Но это ещё на стадии подготовки БЛМ к секвенированию. Изменено 2 ноября, 2019 пользователем genseq опечатка Цитата Поделиться сообщением Ссылка на сообщение Поделиться на другие сайты Поделиться
Flood 13 2 ноября, 2019 Опубликовано 2 ноября, 2019 · Жалоба 11 часов назад, genseq сказал: В России их нет. И, возможно, не будет. А за бугром продажи начались совсем недавно. "Удочки" в несколько мест уже забросил. А что, они продают не всем? На первый взгляд главное препятствие - чуть менее $3000, нужных для покупки комплекта из МинИОНа и адаптера дешевых ячеек. Ну и вопросы со стороны нашей таможни. Цитата Поделиться сообщением Ссылка на сообщение Поделиться на другие сайты Поделиться
Leka 1 2 ноября, 2019 Опубликовано 2 ноября, 2019 (изменено) · Жалоба Предлагаю такой вариант для старта. Низкочастотные цепи: интегратор (на емкости ячейки) со сбросом (медленный ключ с малыми утечками и малой инжекцией заряда), маленькая емкость в качестве тестового источника пикоамперных токов (для измерения емкости ячейки и тестирования всей схемы), усилитель напряжения без обратной связи, низкоскоростной мультиплексор, низкоскоростная схема управления ключами. Высокочастотные цепи: скоростные усилители напряжения и скоростной мультиплексор с выходом на скоростной АЦП. Ток через тестовую емкость I=C*dU/dT, пусть С=0.5пФ, dU/dT=1...100В/сек, получаем тестовый ток 0,5...50пА. Пусть всего 128 каналов, частота опроса каждого канала 10кГц, тогда 16 низкоскоростных мультиплексоров 8:1 переключаются с частотой 80кГц каждый, один высокоскоростной мультиплексор переключается с частотой 1,28МГц, один 1,28Мвыб/сек АЦП последовательно считывает все 128 каналов. Изменено 2 ноября, 2019 пользователем Leka Цитата Поделиться сообщением Ссылка на сообщение Поделиться на другие сайты Поделиться
genseq 0 3 ноября, 2019 Опубликовано 3 ноября, 2019 (изменено) · Жалоба Спасибо за стартовый вариант. Некоторые соображения по этому поводу: 1. Число входных каналов (для варианта на PCB) лимитируется стоимостью компонентов входных цепей. Поэтому количество входов с интеграторами придётся уменьшить со 128 до 32...64. Но первый (отладочный) вариант может содержать 8 или 16 входных каналов. 2. Похоже, основной проблемой будет поиск подходящих ключей с малыми утечками и малой инжекцией зарядов. Кажется, что-то подобное встречается, но проблемы может создать нестабильность их характеристик: https://vrtp.ru/index.php?showtopic=11890 3. Совсем не обязательно ориентироваться на монопоровый секвенатор (с одним выходом). Если на каждые 8 входных каналов будет приходиться по одному выходному каналу (8:1), то это значительно повысит производительность секвенатора. 4. Если стартовая схема не вызывает сомнений, то можно переходить к подбору комплектующих. 14 часов назад, Flood сказал: А что, они продают не всем? MinION продают только покупателям, отсутствующим в санкционных списках. В эти списки угодили, например, МГУ и СПбГУ. Что касается FLONGLE, то они попали в товары двойного назначения, поставки которых в Россию запрещены. Что касается стоимости, то это только стартовый комплект MinION, продаваемый в рекламных целях (и только по одной штуке на организацию), стоит $1000. Обычный комплект стоит $4500, а с поддержкой проекта - $12400: https://store.nanoporetech.com/starter-packs/ "Вводный" комплект FLONGLE стоит $1860, а обычный - $5052: https://store.nanoporetech.com/flongle.html Изменено 3 ноября, 2019 пользователем genseq опечатка Цитата Поделиться сообщением Ссылка на сообщение Поделиться на другие сайты Поделиться
Flood 13 3 ноября, 2019 Опубликовано 3 ноября, 2019 · Жалоба 19 минут назад, genseq сказал: Что касается FLONGLE, то они попали в товары двойного назначения, поставки которых в Россию запрещены. Ого. А есть какие-то подробности? Экспортные коды или что-то еще? 22 минуты назад, genseq сказал: Что касается стоимости, то это только стартовый комплект MinION, продаваемый в рекламных целях (и только по одной штуке на организацию), стоит $1000. Обычный комплект стоит $4500, а с поддержкой проекта - $12400: https://store.nanoporetech.com/starter-packs/ "Вводный" комплект FLONGLE стоит $1860, а обычный - $5052: https://store.nanoporetech.com/flongle.html Я и говорю, чуть менее 3000 за весь комплект. Цитата Поделиться сообщением Ссылка на сообщение Поделиться на другие сайты Поделиться
iliusmaster 5 3 ноября, 2019 Опубликовано 3 ноября, 2019 · Жалоба Да... Вот переписываюсь, а оказывается, что человек живет прямо надо мной в одном подъезде. Владимир Витальевич, я вас таки узнал по электронной почте. Коль реально не шутите и соберетесь доставать ячейку, то зайдите на 2-й этаж к Илье. Позвоним кое-кому, и думаю, что добудем ячейку прямо из Лондона. Да и промерить параметры можно будет у меня же дома, принесу электрометр из офиса. Цитата Поделиться сообщением Ссылка на сообщение Поделиться на другие сайты Поделиться
iliusmaster 5 3 ноября, 2019 Опубликовано 3 ноября, 2019 · Жалоба Так- как ячейка практически не взаимодействует с внешним миром, то можно не бояться повреждения статическим разрядом и входные цепи коммутировать j-fet транзисторами. При напряжении сток-исток до 1В токи утечки у них будут субпикоамперными да и емкости не много добавят. Цитата Поделиться сообщением Ссылка на сообщение Поделиться на другие сайты Поделиться
a123-flex 0 3 ноября, 2019 Опубликовано 3 ноября, 2019 · Жалоба 45 минут назад, iliusmaster сказал: Владимир Витальевич, я вас таки узнал Владимир Витальевич, matrix has you Цитата Поделиться сообщением Ссылка на сообщение Поделиться на другие сайты Поделиться
genseq 0 3 ноября, 2019 Опубликовано 3 ноября, 2019 · Жалоба 7 часов назад, iliusmaster сказал: ... зайдите на 2-й этаж к Илье. Позвоним кое-кому, и думаю, что добудем ячейку прямо из Лондона. Да и промерить параметры можно будет у меня же дома, принесу электрометр из офиса. Спасибо. Зайду по возвращении из отпуска. 19 часов назад, Leka сказал: Предлагаю такой вариант для старта. А в этом варианте предусмотрена возможность выборочной инверсии напряжения на входных каналах? Цитата Поделиться сообщением Ссылка на сообщение Поделиться на другие сайты Поделиться
Leka 1 3 ноября, 2019 Опубликовано 3 ноября, 2019 (изменено) · Жалоба 2 hours ago, genseq said: возможность выборочной инверсии напряжения на входных каналах? На общей шине устанавливаем нужное напряжение, и замыкаем нужный ключ. Потом возвращаем все в исходное состояние. 11 hours ago, genseq said: 3. Совсем не обязательно ориентироваться на монопоровый секвенатор (с одним выходом). Если на каждые 8 входных каналов будет приходиться по одному выходному каналу (8:1), то это значительно повысит производительность секвенатора. Не понял. Я описал вариант, когда все ячейки работают одновременно, но считывание происходит последовательно. Пусть всего 10*10=100 каналов (все мультиплексоры 10:1), АЦП 1MSPS. 1-я выборка - 1-ый канал, 2-я выборка - 11-ый канал, ... 10-я выборка - 91-ый канал, 11-я выборка - 2-й канал, 12-я выборка - 12-ый канал, ... 20-я выборка - 92-ый канал, … 100-я выборка - 100-ый канал, далее все повторяется. На каждый канал приходится 10KSPS, медленные мультиплексоры переключаются с частотой 100кГц, быстрый мультиплексор - с частотой 1МГц. Изменено 3 ноября, 2019 пользователем Leka Цитата Поделиться сообщением Ссылка на сообщение Поделиться на другие сайты Поделиться
Leka 1 3 ноября, 2019 Опубликовано 3 ноября, 2019 · Жалоба Про входной ток усилителей: https://www.compel.ru/lib/94429 Цитата Поделиться сообщением Ссылка на сообщение Поделиться на другие сайты Поделиться
genseq 0 4 ноября, 2019 Опубликовано 4 ноября, 2019 (изменено) · Жалоба 17 часов назад, Leka сказал: На общей шине устанавливаем нужное напряжение, и замыкаем нужный ключ. Потом возвращаем все в исходное состояние. Не понял. Я описал вариант, когда все ячейки работают одновременно, но считывание происходит последовательно. Пусть всего 10*10=100 каналов (все мультиплексоры 10:1), АЦП 1MSPS. 1-я выборка - 1-ый канал, 2-я выборка - 11-ый канал, ... 10-я выборка - 91-ый канал, 11-я выборка - 2-й канал, 12-я выборка - 12-ый канал, ... 20-я выборка - 92-ый канал, … 100-я выборка - 100-ый канал, далее все повторяется. На каждый канал приходится 10KSPS, медленные мультиплексоры переключаются с частотой 100кГц, быстрый мультиплексор - с частотой 1МГц. С полярностью - понял. С терминами желательно разобраться. Ячейка к FLONGLE содержат 126 сенсорных электродов (+) и один общий (-). Так что одновременно работать могут сенсоры, но не сама ячейка (которая одна). И сенсоры, насколько я понял, включаются последовательно (поочерёдно). А между включениями накапливают заряд на конденсаторе интегратора. Если фазу накопления заряда считать работой, то все интеграторы работают одновременно, но считываются последовательно. И после считывания сигнал усиливается и оцифровывается одним каналом (выходным). Если после опроса всех сенсорных электродов выбирается один, и только с него сигнал подаётся на выходной канал, то это я называл монопоровым секвенатором. Если каждый блок (медленный мультиплексор с интегратором, объединяющий 10 сенсоров) имеет свой канал усиления и оцифровки (т.е. в формате 10х10) будет 10 параллельных выходных каналов вместо одного, то это может значительно повысить производительность секвенатора. Кажется, пока писал - дошло, что Вы собираетесь делать опрос постоянным, не обращая внимания на то, что после опроса непригодные для работы сенсоры можно было бы и отключить. Без их отключения, конечно, проще. Правда, в отдалённой перспективе (при наращивании количества сенсоров) эта схема не будет справляться с параллельным потоком информации, и придётся всё переделывать (сделать произвольный доступ к сенсорам). Но для ячеек типа FLONGLE Вы совершенно правы. При небольшом количестве сенсоров мудрить нет смысла. 14 часов назад, Leka сказал: Про входной ток усилителей: https://www.compel.ru/lib/94429 Уже попадалось. Похоже, выбор подходящих усилителей невелик: LMP7721 – КМОП-усилитель со входным током смещения 3 фА; INA116 – инструментальный усилитель с ультранизким входным током смещения 3 фА. LTC6268/6269 - http://catalog.gaw.ru/index.php?page=component_detail&id=77679 И ещё: https://www.kipis.ru/info/index.php?ELEMENT_ID=50166 Изменено 4 ноября, 2019 пользователем genseq работа над ошибками Цитата Поделиться сообщением Ссылка на сообщение Поделиться на другие сайты Поделиться
Leka 1 4 ноября, 2019 Опубликовано 4 ноября, 2019 (изменено) · Жалоба INA116 и LTC6268/6269 не подойдут по nV/sqrt(Hz) на частоте 1кГц. В интеграторе со сбросом (независимо от схемы сброса) не имеет смысла применять дорогие усилители с фемтоамперными входными токами. Тк для интегратора, из-за скачков входного напряжения в момент сброса, нужно будет расширить полосу усиления (чтобы уменьшить время установления), что приведет к росту шумов. Из-за большой емкости сенсора основной вклад будет от шумов напряжения, а не от токовых шумов усилителя. Шум напряжения даст большой эквивалентный токовый шум, который будет заметно больше 100фА. Изменено 4 ноября, 2019 пользователем Leka Цитата Поделиться сообщением Ссылка на сообщение Поделиться на другие сайты Поделиться
Leka 1 4 ноября, 2019 Опубликовано 4 ноября, 2019 · Жалоба Имхо, если планируется ASIC, то надо рассчитывать на параметры OPA320 и тп, тк вряд-ли получится сделать лучше. Цитата Поделиться сообщением Ссылка на сообщение Поделиться на другие сайты Поделиться