[a123-flex 0]

 

Цитата

Оправдываться мне тут нечего - я с десяток лет сидел с полным доступом к не мной разработанным спектрометрам - то есть имел возможность обрабатывать и работать с сигналами ЯМР, а вот свою железку начал делать относительно недавно. Именно имея такой опыт за плечами - предостерегал ТС этого топика от возможных заморочек.

 

я довольно понятно выразился, что хоть мне и тема любопытна и ТС я посоветовал как минимум несколько компонент и решений, сам я участвовать не планировал из-за соображений нарушений чужих патентов.

 

Вы конкретно разводили заказчика на баблос.  Ваша специализация - мертвые языки программирования - на это и разводили:

10 часов назад, iiv сказал:

То есть в обработке сигнала тоже потребуются мозги, и обычный программист на сишарпе или пехапе будет годами биться об стенку и не сможет решить эту задачу ни зависимо от того сколько вы ему за это будете платить.

не так ли ?))

[iiv 18]

26 minutes ago, a123-flex said:

Вы конкретно разводили заказчика на баблос.  Ваша специализация - умершие языки программирования - на это и разводили 

я довольно понятно выразился, что хоть мне и тема любопытна и ТС я посоветовал как минимум несколько компонент и решений, сам я участвовать не только не планировал из-за соображений нарушений чужих патентов, но и не разделяю позицию бездумно повторять чужое, даже если эта позиция законна на территории РФ с точки зрения патентного права.

 

Странно, что a123-flex почему-то меня обвиняет во всех смертных грехах, что де я якобы навязываюсь к ТС в подрядчики.

 

Мне реально моей задачи с ЯМРом хватает, а участие в обсуждении задачи ТС мне интересно, так как у меня сигналы примерно того же порядка, правда меняются на бОльших частотах.

 

Надеюсь, что a123-flex перестанет тут флеймить не по теме.

[genseq 0]

11 часов назад, Leka сказал:

Минимальная полная шкала (range 0) 12.5пКл/0.333мс=37.5нА, младший бит ~=36фА, токовый шум (при емкости датчика 43пФ) 0.46фКл/0.333мс=1.38пА, (те 5 младших разрядов шумят).

Если задать максимальный ток лунки (электрода ячейки) ~150пА, из 20 разрядов АЦП будут задействованы 12, при этом 5 младших будут шуметь, те эффективными будут только 7 разрядов.

Спасибо за информацию. Насколько я понял, токовый шум у этих чипов (1,38 pA) не выше, чем у обычных усилителей, используемых для изучения ионных каналов. Если оценивать "строго на глаз" (по рисунку из недавней статьи), то у классических измерителей он составляет 2...3 pA. Правда, пору там изучали аэролизиновую, проводимость которой немного выше (70...75 pA), чем у обычной CsgG (~50 pA). На приведённом рисунке приведено сравнение изменения ионной проводимости трёх мутантных пор при прохождении через них тетрануклеотида АААА. 

Воодушевляют и картинки (скриншоты) из даташита к оценочной плате DDC264EVM (на картинке), показывающие уровень шума отдельных каналов в ppm (миллионных долях шкалы):

http://www.ti.com/lit/ug/sbau186/sbau186.pdf

 

С долей эффективных разрядов придётся разбираться. С одной стороны, 7 разрядов из двадцати - это маловато (128 ppm). С другой стороны, ошибка при оцифровке меньше 1% - это не так уж и плохо. С третьей стороны, если 20 разрядов маловато, то можно переориентироваться на DDC2256A, у которой 24-разрядные АЦП.

 

В общем, пока-что не вижу противопоказаний против использования в секвенаторах готовых чипов, разработанных для компьютерных томографов.   

Изменено 10 ноября, 2019 пользователем genseq
опечатка

[Leka 0]

2 hours ago, genseq said:

7 разрядов

- это если принять за максимум 150пА. Если ограничиться 75пА, получим 6 эффективных разрядов, и тд.

2 hours ago, genseq said:

у классических измерителей он составляет 2...3 pA

У меня получилось, что для данной конкретной задачи можно получить:

Iш~=0.15*Eш*Cвх*Fвыб^1.5,

Iш - шумовой ток, фА,

Eш - шумы входного усилителя, нВ/Гц^0.5,

Cвх - емкость входа (датчик+усилитель), пФ,

Fвыб - частота выборок, кГц.

При Eш=5нВ/Гц^0.5, Cвх=50пФ, Fвыб=3кГц, получается Iш~=0.2пА.

Но мог и ошибиться. Поэтому предлагаю (как и другие участники этой ветки), начать с небольшого числа каналов на дискретных ОУ, просто чтобы набраться опыта, получить первые практические цифры, и тд. 

 

 

[controller_m30 1]

Демонстрация технологии секвенирования ДНК на оборудовании Oxford Nanopore. Ролик YouTube от 3.11.2019. На русском языке.

Студентка демонстрирует процесс работы с секвенатором (карманный вариант), программой идущей в комплекте, и интернет-сервисом для анализа ДНК.

 

Изменено 14 ноября, 2019 пользователем controller_m30
размер шрифта