genseq

Вопрос неспециалиста. Извините, если дурацкий. Есть желание сделать дешёвый аналог нанопорового секвенатора. Причём ключевое слово - "дешёвый". А для этого нужны дешёвые FPGA Spartan-6 (XC6SLX9-2CSG225C), которые китайцы продают на Aliexpress. Скорее всего, это копии фирменных чипов. А может быть, и выбраковка (или выпайка). Поэтому покупать эту дешёвку без проверки как-то стрёмно. А впаивать в платы без проверки слишком накладно. Отсюда - вопрос: где найти специалиста, способного за сравнительно небольшие деньги проверить несколько (при успешной проверке - несколько десятков) таких чипов?

Огромное спасибо! Теперь всё ясно!

Спасибо. Файл "перелопатил". Про маркировку AIV, BIV, CIV и IV ничего не нашёл.

Пытаюсь разобраться с маркировкой FPGA SPARTAN-6. Интересует только одна модель - XC6SLX9-2CSG225C от Xilinx. Уже понял, что на конце может быть буква I вместо С, поскольку индустриальные (I) чипы отличаются от потребительских (C) только большей надёжностью в экстремальных условиях. Понятно и назначение четырёх цифр, обозначающих дату выпуска (год и неделя). Но между обозначением CSG225 и датой есть три буквы, причём в трёх вариантах - AIV, BIV и CIV. Чаще всего - BIV. Буду признателен за информацию про эти обозначения.

Сейчас на дворе 2023 год, но через 4 часа будет уже 2024-й. Китайцы доставляют все компоненты за 2...3 недели. Первые уже в пути. Приходится лезть не в своё дело, поскольку желающих что-то не вижу. Надеюсь, что здесь помогут. Среди обычных умников попадаются и неплохие специалисты. С Наступающим!

1. Был сделан простой клон. На той же элементной базе. 2. Прибор не 15-летней давности, а 8-летней. 3. Все микросхемы производятся. 4. Я в электронике ничего не понимаю, но западные специалисты оценивают стоимость этого секвенатора в $200. А наши - в $2000.

Уверен, что без проверки припаивать не стоит. Как проверить?

https://aliexpress.ru/item/1005005713538757.html?spm=a2g2w.orderdetail.0.0.54f24aa6m1FKp0&sku_id=12000034092670904

"Нанопорусы" будут продавать по $2000 (185 тыс. руб.). Отсюда следует актуальность получения дешёвых (<$200) клонов MinION. Начал поиски комплектующих. Оказалось, что SPARTAN-6 можно купить за $10. Остальные детали стоят ещё дешевле (если не обращаться к специалистам). BOM-1.doc

Секвенатор MinION скопировать удалось. Российский клон называется "Нанопорус": Институт инженерной физики представил на форуме «АРМИЯ-2023» нанопоровый секвенатор «Нанопорус» : Министерство обороны Российской Федерации (function.mil.ru) Причём за прошедшие годы в продаже появились б/у-шные приборы. Пока по 60000 руб., но это явно не предел: https://goo.su/ndNoFHg Со временем они могут ещё подешеветь. Правда, клоны могут стоить меньше 30000 руб., но этим уже трудно кого-то воодушевить. Или не трудно?

Хорошо бы обойтись без копирования. Но тогда не обойтись без разработки загрузки для FPGA. При этом придётся разбираться и с распиновкой ячеечной платы, и с протоколами передачи данных с не имеющего даже краткого описания сенсорного чипа . А это уже задача более высокой сложности. Уверены, что Вам удастся с ней справиться? Если не уверены в своих силах, то буду признателен за контакты непризнанного гения, способного решить эту проблему.

Софт "стырить" невозможно, поскольку его можно совершенно бесплатно скачать из Интернета. Оксфордцы для его разработки привлекают программистов со всего мира, поэтому софт пишется в основном на Питоне и вполне доступен для понимания. Проблема в том, что работает такой софт в связке с фирменными серверами. Работать автономно можно только по особому разрешению, но эту проблему удалось решить. Причём сразу тремя различными способами. С регенерацией бислойной липидной мембраны начинали возиться ещё пару лет назад. Сейчас "лёд тронулся", но эту технологию нужно ещё оптимизировать, отрабатывать и дорабатывать. Встраивание белковых ионных каналов в мембраны тоже нужно отрабатывать, но у нас под боком имеется по крайней мере 6 лабораторий, специалисты которых способны этим заняться. Если не на CsgG, то на множестве модельных трансмембранных белков, на которых они собаку съели (и щенком закусили). Что касается CsgG, то этот белок уже давно клонирован, да и модифицировать его для улучшения считывания ДНК не сложно. Это не слишком сложная проблема (даже для меня). С геликазой проблем нет уже давно. Есть и бактериальные, и дрожжевые рекомбинантные штаммы-продуценты. Так что с разработкой "сырой" части непреодолимых проблем не предвидится. Но есть проблемы с нанопоровыми секвенаторами, которые сейчас в Россию не поставляются. И было бы очень неплохо скопировать устройство, считывающее информацию с регенерируемых ячеек (секвенатор). К сожалению, способные на это специалисты не хотят ничего копировать, а хотят заниматься собственными разработками. Причём только за большие деньги (и за 2...3 года). Надеюсь, что из этого правила найдутся исключения.

И здесь: https://www.businesswire.com/news/home/20221023005056/en/Oxford-Nanopore-Opens-Genomics-Market-With-PromethION-2-Solo-The-World’s-First-Portable-High-Yield-Sequencer-Providing-Comprehensive-DNA-Analysis-for-Anyone-Anywhere

Например, здесь: https://nanoporetech.com/accuracy

Защиты нет. Точность нанопорового чтения ДНК в этом году превысила 99%. Это если с гарантией. Часто точность составляет 99,5%. А рекордный показатель - 99.7%. Задача грести деньги лопатой не стоит. Целью является снижение стоимости секвенирования в России. Для этого вместо новой разработки можно ограничиться копированием старой. При этом проблемой может оказаться прекращение производства SPARTAN 6 как устаревшей модели. А старая загрузка для новой модели FPGA может не подойти. Буду признателен за идеи по этому поводу.