Легко убедиться, отключив выпрямитель и нагрузив трансформатор резисторами.
И показав нам часть схемы с котроллером, и картинки затворов/стоков полумоста.
А небольшой перекос полупериодов - врожденное свойство семейства 6599/6699 контроллеров (нет там счетного триггрера /2 по выходам),
которое, конечно, лечится.