Может, такое реализовывается с помощью fpga manager на PS части. Вот гайд
https://xilinx-wiki.atlassian.net/wiki/spaces/A/pages/18841645/Solution+Zynq+PL+Programming+With+FPGA+Manager
Довольно муторная подготовка в том плане, что необходимо вырезать всю PL часть из device tree и записывать её в дополнительный файл device tree overlay, который потом наложится на основной dtb файл.
Если коротко, то при запуске загружается только PS часть, которая потом подгружает bit.bin файл и допольнительный оверлейный device tree, чтобы ОС понимала что у неё добавилось.