Перейти к содержанию
    

Реверс-инжиниринг ячеек нанопорового секвенатора

29 minutes ago, genseq said:

... Считывающе устройство (аналог секвенатора) должно делать то же самое, но может быть проще, поскольку не нужно заморачиваться с устранением электромагнитных наводок.

Это как так?  Не заворачивается с ЭМ наводками не получится. На сколько я понимаю там меряются пико-амперные токи с полосой сигнала до 1 KHz и частотой семплирования с десяток KHz!.
IMHO для таких сигналов борьба с наводками и шумами чуть ли не самое главное.     

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на другие сайты

Для регенерации мембран наводки не принципиальны по причине наноамперных изменений сигнала. Для встраивания нанопор в мембрану нужно отслеживать пикоамперные изменения (от <1 pA до ~50 pA), причём с не очень высокой точностью. При таких требованиях наводками можно пренебречь. Или обойтись их простейшим экранированием.  

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на другие сайты

9 minutes ago, genseq said:

Про "нано" не писал. Только про "пико". И поминал ещё "фемто", но даже десятки fA - это уже сплошной шум. Что-то осмысленное можно "вытянуть" только при токах в сотни фемтоампер. Рабочий диапазон - от 1 до 50 pA (при 100 mV).

В типичной CMOS APS матрице темновой ток составляет 10-100 e-/s в зависимости от размеров и типа пикселя, по амперам это будет меньше того, что вам нужно. Только, конечно, там в пикселе интегрируется заряд, а потом считывается напряжение. В вашей же системе, насколько я понял, нужно измерять ток постоянно и детектировать импульсы тока, так?

Есть еще варианты установки малошумящих усилителей в пиксель. В таком проекте "инфраструктура" КМОП матрицы использовалась для brain-computer-interface чипа (чтоб к мозгам подключаться).

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на другие сайты

12 hours ago, alexunder said:

Да простит меня автор за оффтопик. Нет там таких зарплат, как и везде в европе в ымбеде/харде. Вот данные до вычета налогов (glassdoor):

мы аутсорсили австрийских инженеров (в некой дочке Инфениона) - 40к Евро в месяц за штуку. так как там почти социализьм, то полагаю, что это стандартная цена.

понятно, что на руки они получают в 5+ раз меньше (ну и деньги еще идут на поддержание администрации, офиса, тулзов, лабы и т.п.), но заплатить то за найм придется 40к/мес, а не зарплату, сесть за налоговые преступления или покинуть Австрию и переехать на пмж в Воронеж вряд ли интересно европейскому инженеру

 

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на другие сайты

2 часа назад, alexunder сказал:

насколько я понял, нужно измерять ток постоянно

В предыдущей теме обсуждалось, там те же интеграторы.

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на другие сайты

10 minutes ago, Plain said:

В предыдущей теме обсуждалось, там те же интеграторы.

тут процесс достаточно быстрый - скорость протягивания ДНК тысяча (?) оснований в секунду. то есть для того чтоб Котельникова удовлетворить нельзя долго интегрировать.

кстати интересно, что там с тепловым шумом в полосе 10кГц-то? 

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на другие сайты

1 час назад, yes сказал:

тут процесс достаточно быстрый - скорость протягивания ДНК тысяча (?) оснований в секунду. то есть для того чтоб Котельникова удовлетворить нельзя долго интегрировать.

кстати интересно, что там с тепловым шумом в полосе 10кГц-то? 

Скорость протяжки в ONT довели до 450 оснований ДНК в секунду. При этом утверждали, что электроника позволяет увеличить скорость до 1000 оснований/сек. Но в этом году они сосредоточились на борьбе за качество получаемых данных и скорость уменьшили до 200 оснований/сек. Т.е. или увеличили продолжительность интегрирования заряда, или повысили качество получаемых данных посредством их суммирования и усреднения. Или и то, и другое.  

 

4 часа назад, alexunder сказал:

В вашей же системе, насколько я понял, нужно измерять ток постоянно и детектировать импульсы тока, так?

Есть еще варианты установки малошумящих усилителей в пиксель.

В каждом сенсорном пикселе чипа уже встроены малошумящие каскадные усилители, детектирующие импульсы тока (заряды, накапливаемые на пиксельных же конденсаторах). Если не ошибаюсь, АЦП тоже находятся в чипе (скорее всего, 14-разрядные).

Изменено пользователем genseq

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на другие сайты

1 час назад, yes сказал:

нельзя долго интегрировать

В предыдущей теме предлагалось это делать непрерывно.

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на другие сайты

11.11.2021 в 03:30, a123-flex сказал:

Однажды я видел инструмент для анализа прошивки одного из семейств Альтеры. Но никогда Xilinx. Если не какой-то фантастический инсайд, и не всплывёт вдруг команда которая 30 лет занимается реверсом Xilinx и за 25 лет о ней не было ни одного сообщения - ничего кроме логического анализатора здесь не поможет.

ну.. эт вы зря)

вбиваю в гугл "github xilinx bitstream reverse engineering"
и практически на первой странице (ну или в два клика) выплывает такое...

Documenting the Xilinx 7-series bit-stream format
https://github.com/f4pga/prjxray

This package contains software code to invert xilinx bitstreams
https://github.com/djn3m0/debit

The Bitstream Interpretation Library, in short BIL,
is an open library for reading and interpreting Xilinx bitstream files targeted at Virtex FPGAs
https://github.com/florianbenz/bil

This is an in-progress project to document the internals of the XC2064 FPGA
https://github.com/shirriff/xc2064

Trying to understand Xilinx Bitstream format
https://github.com/lastweek/fpga_decode_bitstream

и некоторым проектам достаточно много лет (debit от 2008 года, bil от 2012)

Да, кстати, целая статья на хабре еще была https://habr.com/ru/post/520420/
оригинал здесь: http://www.righto.com/2020/09/reverse-engineering-first-fpga-chip.html

и подает надежды еще эта тулза - The Hardware Analyzer: https://github.com/emsec/hal
но, ей еще развиваться и развиваться конечно.
но пройдет десятилетие и во что-то полезное этот проект может вылиться, я думаю

так же, yosys умеет создавать netlist-ы в том числе и для xilinx (опция synth_xilinx)
здесь уже можно позаниматься встречным реверсом.
правда, тут придется сильно заморочиться скорее всего

в любом случае конечно соглашусь, что при наличии такого обилия "потугов" спецов на "вольных хлебах"
тут еще молотком ли, кувалдой ли... еще вкалывать и вкалывать!

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на другие сайты

5 часов назад, phoenix сказал:

ну.. эт вы зря)

ничоси) интересно, спасибо. Не знал.

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на другие сайты

18.03.2022 в 00:18, phoenix сказал:

ще вкалывать и вкалывать!

Чет давно автора не слышно, осилил он это дело или забил нафиг)))

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на другие сайты

Не забил. На днях (вернувшись из Кирова) сверстал выжимку из этого форума. Получилось около трёх страничек. Ещё пару таких страничек, и можно будет приступать к вёрстке ТЗ на разработку импортозамещающего нанопорового секвенатора.

Реверс-инжиниринг MinION.doc

Изменено пользователем genseq

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на другие сайты

13 часов назад, genseq сказал:

ТЗ на разработку импортозамещающего нанопорового секвенатора.

В Кирове кто-то тоже занимается этим, или по другим делам? 

А ТЗ походу сейчас сначала надо на мало мальскую разработку микроэлектроники вообще, иначе вам только на импорте это надо делать, а с ним сейчас туговато...

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на другие сайты

7 часов назад, mantech сказал:

В Кирове кто-то тоже занимается этим, или по другим делам? 

А ТЗ походу сейчас сначала надо на мало мальскую разработку микроэлектроники вообще, иначе вам только на импорте это надо делать, а с ним сейчас туговато...

В Кирове я живу. В прочих местах имею право находиться без регистрации не больше трёх месяцев. Про микроэлектронику вообще можете почитать здесь: Микроэлектроника в России до и после 24.02.2022 / Хабр (habr.com)

С китайским импортом проблем не предвидится. 

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на другие сайты

2 часа назад, genseq сказал:

микроэлектронику вообще можете почитать здесь

Да уж. Мое мнение, нужна совместная кооперация с Китаем, причем именно с континентальным Китаем, а не Тайванем и пр. У нас наладить производство пластин, может быть какую химию, корпусирование по-возможности, а в Китае литографию и пр. Рынок сбыта - общий. Тогда еще можно на что-то рассчитывать...

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на другие сайты

Присоединяйтесь к обсуждению

Вы можете написать сейчас и зарегистрироваться позже. Если у вас есть аккаунт, авторизуйтесь, чтобы опубликовать от имени своего аккаунта.

Гость
К сожалению, ваш контент содержит запрещённые слова. Пожалуйста, отредактируйте контент, чтобы удалить выделенные ниже слова.
Ответить в этой теме...

×   Вставлено с форматированием.   Вставить как обычный текст

  Разрешено использовать не более 75 эмодзи.

×   Ваша ссылка была автоматически встроена.   Отображать как обычную ссылку

×   Ваш предыдущий контент был восстановлен.   Очистить редактор

×   Вы не можете вставлять изображения напрямую. Загружайте или вставляйте изображения по ссылке.

×
×
  • Создать...