[mantech 35]

23 часа назад, genseq сказал:

Хорошо бы не менять, а просто модифицировать ПО секвенатора. Но это, насколько я понял, слишком сложно. Проще переписать всё заново.

Еще раз, зачем что-то изобретать в железе - оно уже есть перед вами, нужно просто срисовать схему платы с ПЛИС, и зная схему и принцип работы ячейки т.е. ASIC, написать для ПЛИС прошивку ее восстановления. Да придется пожертвовать одной платой ПЛИС для срисовки схемы и которая пойдет в качестве платы-восстановителя, но на ней можно будет восстанавливать потом любое кол-во ячеек.

Изменено 22 ноября, 2021 пользователем mantech

[genseq 0]

53 минуты назад, mantech сказал:

и зная схему и принцип работы ячейки т.е. ASIC

Как раз этого мы не знаем. А без такой информации написать свою прошивку для ПЛИС невозможно. Или возможно? Буду рад ошибиться. 

[yes 5]

1 hour ago, mantech said:

Еще раз, зачем что-то изобретать в железе - оно уже есть перед вами, нужно просто срисовать схему платы с ПЛИС, и зная схему и принцип работы ячейки т.е. ASIC, написать для ПЛИС прошивку ее восстановления. Да придется пожертвовать одной платой ПЛИС для срисовки схемы и которая пойдет в качестве платы-восстановителя, но на ней можно будет восстанавливать потом любое кол-во ячеек.

 

скорее всего, там команды передаются в сенсор по SPI - то есть переключение каналов АЦП и мультиплексора, каллибровки, возможно еще куча всего

если чип (сенсор) поддерживает реверсивную полярность по индивидуальным каналам (я выше сомневался в такой возможности), а доступный контроллер (MinION) такой функциональности не имеет, то узнать эти команды (или запись каких-то значений в конфигурационные регистры) по-моему невозможно

снятие схемы позволит клонировать эти MinION-ы, и то если повезет и какой-то хитрости с ID нет - но это не интересно автору

---------------

для восстановления ячеек, по-моему, нужен фирменный аппарат (то есть нечто, куда вставляется ячейка при производстве/выращивании мембраны), который умеет эти полярности подавать, и записать логи передаваемых команд 

я сомневаюсь, что техюпроцесс такой - но автор, как я понял, уверен, что такой аппарат есть.

в любом случае, для практики это не то что "черный ящик", а даже нет "черного ящика"

 

[yes 5]

On 11/21/2021 at 12:41 PM, genseq said:

В ячейке менять ничего не нужно. Её нужно использовать многократно. А для этого придётся изучить её распиновку и попытаться заменить секвенатор отоладочной платой с FPGA. Хорошо бы не менять, а просто модифицировать ПО секвенатора. Но это, насколько я понял, слишком сложно. Проще переписать всё заново. Отсюда следует необходимость анализа распиновки ячеечной платы и замены секвенатора отладочной платой. 

 

выбросите идею с отладочной платой - у вас такая плата уже есть (сам MinION) - можно загружать прошивки через стандартный софт - то есть заменить в папке на ПК bit файл на свой и скорее всего загрузится, ну или же программу для FX3 разобрать - это доступно

гранты отечественные, конечно, проще дают когда есть что-то материальное "отладочная плата", но для дела - только вред, по-моему 

если MinION не умеет выставлять полярности для восстановления - то узнать как это делать трудно (может невозможно)

--------------------------------------

металлический выступ - может термометр или наоборот охладитель/нагреватель - у ячейке же жесткий температурный режим? не похоже, что есть контакт с платой секвенатора

 

[mantech 35]

7 часов назад, yes сказал:

выбросите идею с отладочной платой - у вас такая плата уже есть (сам MinION) - можно загружать прошивки через стандартный софт - то есть заменить в папке на ПК bit файл на свой и скорее всего загрузится, ну или же программу для FX3 разобрать - это доступно

Вот и я про это говорю...

8 часов назад, genseq сказал:

Как раз этого мы не знаем. А без такой информации написать свою прошивку для ПЛИС невозможно. Или возможно?

Без этого никак, поэтому и писал ранее, что реверс работы ASIC - это обязательный пункт в данной работе, самый сложный и дорогой.

[alexunder 4]

On 11/20/2021 at 2:47 PM, mantech said:

Да все куда проще, это наглосаксы, у них работники получают по 8-10К$ или фунтов, в мес.

Да простит меня автор за оффтопик. Нет там таких зарплат, как и везде в европе в ымбеде/харде. Вот данные до вычета налогов (glassdoor):

[RobFPGA 27]

2 minutes ago, alexunder said:

Да простит меня автор за оффтопик. Нет там таких зарплат, как и везде в европе в ымбеде/харде. Вот данные до вычета налогов:

Ага  нету.  Раз не знаем значит и нету 

 

[alexunder 4]

On 11/9/2021 at 7:59 PM, genseq said:

Кстати, о сенсорном чипе. Он разработан компанией Analog Devices на основе чипов для компьютерной томографии. Ближайший аналог - ADAS1131:

  https://www.analog.com/en/products/adas1131.html#product-overview

Аналогичный сделать никто не сможет, поэтому о разработке его аналога лучше не мечтать.

еще как можно сделать. Такие чипы называются ROIC (readout-out IC) и в сфере захвата изображения являются обыденным делом. Можно сделать по типу КМОП-матрицы, но убрать фотодиодную часть. Вообще структуру КМОП-матриц удобно применять для всяких не imaging применений.

 

 

2 minutes ago, RobFPGA said:

Ага  нету.  Раз не знаем значит и нету 

Бывают исключения в виде всяких Эпплов, Интелов. В остальном же зарплаты прям как у изготовителя сабжевого устройства (см скриншот с глассдора).

[mantech 35]

5 часов назад, alexunder сказал:

еще как можно сделать.

Я так понимаю, ТС говорил про Россию, а тут с этим делом печально((

5 часов назад, alexunder сказал:

Бывают исключения в виде всяких Эпплов, Интелов. В остальном же зарплаты прям как у изготовителя сабжевого устройства (см скриншот с глассдора).

Видать брексит и ковидокризис подкосили ЗП, 3 года назад они были заметно выше (в среднем, конечно)

[genseq 0]

5 часов назад, alexunder сказал:

еще как можно сделать. Такие чипы называются ROIC (readout-out IC) и в сфере захвата изображения являются обыденным делом. Можно сделать по типу КМОП-матрицы, но убрать фотодиодную часть. Вообще структуру КМОП-матриц удобно применять для всяких не imaging применений.

Сенсоры чипов, используемых в компьютерных томографах, нацелены на измерение субпикоамперных токов. Это отдельный раздел микроэлектроники, в котором главное - подавление шумов, наводок и утечек. На самом высоком уровне в таких вопросах разбираются в Analog Devices (причём только два человека). Немного хуже обстоят дела в Texas Instruments. Прочие специалисты обычно даже не представляют, о чём идёт речь. 

 

37 минут назад, mantech сказал:

Я так понимаю, ТС говорил про Россию, а тут с этим делом печально((

Боюсь, что не просто печально. Фатально! 

Изменено 23 ноября, 2021 пользователем genseq

[genseq 0]

18 часов назад, yes сказал:

выбросите идею с отладочной платой - у вас такая плата уже есть (сам MinION) - можно загружать прошивки через стандартный софт - то есть заменить в папке на ПК bit файл на свой и скорее всего загрузится, ну или же программу для FX3 разобрать - это доступно

Так и есть. Всё доступно. Но попытки идти этим путём результата не принесли. А продолжались они больше года.

 

11 часов назад, mantech сказал:

реверс работы ASIC - это обязательный пункт в данной работе, самый сложный и дорогой.

Пользуясь случаем хочу поблагодарить участника этого топика baumanets за контактные данные специалиста, способного (я надеюсь) оценить трудоёмкость (стоимость и продолжительность) реверса ASIC.

 

6 минут назад, genseq сказал:

Пользуясь случаем хочу поблагодарить участника этого топика baumanets за контактные данные специалиста, способного (я надеюсь) оценить трудоёмкость (стоимость и продолжительность) реверса ASIC.

Сглазил. Пока сочинял эту благодарность прилетело письмо с ответом:

 

В общих чертах я понял чего бы Вы хотели, но к сожалению это вне моей компетенции!

Изменено 23 ноября, 2021 пользователем genseq

[alexunder 4]

2 hours ago, genseq said:

Сенсоры чипов, используемых в компьютерных томографах, нацелены на измерение субпикоамперных токов.

Хорошо. То есть и в вашем устройстве такой же амплитуды сигналы необходимо измерять?

 

 

[genseq 0]

Рабочий диапазон и разрядность считываемых сигналов определяются параметрами сенсорного чипа. Секвенатор может задавать уровень потенциалов, подаваемых на отдельные сенсоры чипа, регулировать температуру чипа и частоту опроса его сенсоров, и передавать считываемые сигналы на компьютер. Считывающе устройство (аналог секвенатора) должно делать то же самое, но может быть проще, поскольку не нужно заморачиваться с устранением электромагнитных наводок.   

 

[mantech 35]

1 час назад, alexunder сказал:

То есть и в вашем устройстве такой же амплитуды сигналы необходимо измерять?

Если память не изменяет, ТС писал про наноамперы, но если разрешающая способность считывателя будет выше, то это улучшит точность..

[genseq 0]

2 минуты назад, mantech сказал:

Если память не изменяет, ТС писал про наноамперы

Про "нано" не писал. Только про "пико". И поминал ещё "фемто", но даже десятки fA - это уже сплошной шум. Что-то осмысленное можно "вытянуть" только при токах в сотни фемтоампер. Рабочий диапазон - от 1 до 50 pA (при 100 mV). Наноамперами ток измеряется при пробое мембраны.