то что нет соеденения между двумя основными полигонами - так это скорее всего из за сапр, в проекте сделаны свойства такие, что отверстия для разьема необходимо соеденять в термальном варианте, а при генерации полигона сапр посчитала что отверстия слишком близко, и нельзя будет провести полигон и так вот урезала. Expedition часто выдает такой результат при схожих с данным вариантом условиях. Эта же причина и лепистковой формы. Я думаю, что причина - САПР.