Да, документация построена таким образом, что как референс-мануал, так и даташит, они охватывают сразу несколько моделей. В даташите в его конце приведена расшифровка обозначения микроконтроллера, а в середине даташита по обозначению отыскивается конкретный состав модулей и наличие таймеров. Референс-мануал имеет еще более широкий список описываемых микроконтроллеров. Например, RM0008 подходит для нескольких десятков моделей.
Файл CMSIS описания микроконтроллера так же не подходит для определения состава модулей, поскольку он пишется по референс-мануалу, который, как я сказал выше, подходит для некоторого числа моделей. Поэтому, руководствуемся только даташитом и его табличками.
Про триггеры все возможные комбинации указаны в табличках референс-мануала. Если требуемой комбинации нет, можно её сделать через физическую внешнюю цепь через вход и выход.