Обычно помогало постепенное упрощения функционала до момента когда перестает "зацикливаться, перзагружаться, вешаться", а дальше логическая цепочка и высшие силы)
Все зависит от частоты ШИМ. Думаю при частоте <50Гц мотор гарантированно сгорит. Ну и не понятно кто сможет жестко гарантировать именно 18%. Если есть желание получить острые ощущения, то надо делать именно так.
А каким образом на голом уарте сделан мультимастер? через резисторы?)
UPD: Все понятно, у вас же только ДВА устройства. Тогда не должно быть проблем совсем. Искать ошибки в ПО, потом в железе.
Для обновления прошивки нужно две вещи: передать данные, положить в нужное место.
Если для обмена данными с устройствами планируется CAN(настоящий), что мешает через него и передать массив с прошивкой?