В том то и дело, что как только я добавляю что-то в проект, он разводится по другому, эффект либо исчезает, либо появляется.
Тактовая частота 100МГц - на глобальной шине. Выход счетчика, который формирует опору для внешнего устройства - не на глобальной шине.
И что же сделать с другими частотами, чтобы они не создавали проблем? И они тоже все на глобальных шинах.
С питанием все ОК, и есть варианты разводки ПЛИС, когда все отлично работает. Это не может подтверждать, что питание в норме?
Прикладываю скриншоты с кусочком трассировки и пояснениями.