ENET_RX_CLK и ENET_TX_CLK - должны формироваться Micrel (25MHz), у Вас что-то со свитчом. На ките PHY включена в RMII вот и выдает ENET_REF_CLK 50 MHz.
RPi тоже платы расширения есть, но imho, BBB. Учебных материалов тоже не мало, широкая номенклатура пинов выведена на гребенки и главная ценность, с моей точки зрения - полностью открытые доки, в том числе на процессор, чего не скажешь о RPi.
Ну это ж кит, предусмотрели на всякий случай отключаемый прием (в режиме PIO), а так достаточно завести RTS на оба входа nRE и DE, если не требуется принимать во время собственной передачи.
Дык речь про RTOS и идет. А с дма уарт как раз неправильнее, например, при работе с modbus, где нужно отслеживать тайм-ауты. Да и для обычной коммандной консоли на прием буфер нужен, дма нет.