Разброс величины этих подтяжек, как я понимаю - это технологический разброс при изготовлении, вряд ли от температуры так сильно зависит. Просто в цифровой технике этот разброс допустим с точностью +- километр - т.е. некритичен абсолютно, лишь бы обеспечивал нужный логический потенциал независимо от возможных допустимых токов утечек в полупроводниках.
До прошивки ПЛИС кмк ее выводы отключены (в высокоимпедансном состоянии), а подтяжку (вверх или вниз) - включает уже прошивка, после загрузки. Могу ошибаться, или в разных сериях микросхем это может быть по-разному.
Но если, предположим, при начале прошивки в ПЛИС включена подтяжка не к тому уровню, что необходим, то внешним резистором меньшего сопротивления напряжение на выводе ПЛИС можно "перетянуть" в нужную сторону, без опасности для ПЛИС. Главное - чтобы потом после ее старта ток в этом выводе был в пределах даташита и настроек этого вывода ПЛИС (drive strength) - чтобы потом безопасно для ПЛИС переключить ее вывод в нужный потенциал.
Например, нужно получить после старта ПЛИС на ее ноге лог. 1. По даташиту - есть weak pull-up (от 7 кОм до 41 кОм), а нам до старта ПЛИС нужен лог. 0.
Вешаем снаружи на GND резистор 1кОм. При этом в худшем случае (если внутр. подтяжка в ненужную сторону все же включена, и там оказалось худшее для нас сопротивление 7 к) получип до старта ПЛИС напряжение на ноге 1/8 от питания (это без учета влияния подключенной ноги reset процессора, там тоже может быть подтяжка или генератор тока) - гарантированный логич. 0. После старта ПЛИС ее вывод переключаем в лог 1 - при этом через вывод ПЛИС пойдет ток Vcc/1кОм - при питании 3,3В это будет всего лишь 3,3 мА...
Если reset процессора еще привносит что-то свое - ну, уменьшаем резистор 1к до полутысячи Ом... Или добавить снаружи транзистор или логич. элемент для усиления дополнительно, если не жалко/есть место/плата еще в проекте.