SAM-BA -бутлоадер ему поменять не под силу.
А вообще обновление прошивки - это не проделки Keil-а, а действия JLinkARM.dll от Segger, которая включёна в состав Keil-a.
Рекомендуется разрешать обновлять прошивку, потому что старая версия прошивки может быть несовместима с новой версией JLinkARM.dll