Это нормальный вид сигналов. Электроды матрицы имеют большую ёмкость, особенно те, что занимаются вертикальным переносом. Ёмкость и на землю, и взаимную между собой. Она есть в datasheet в табличке на второй странице. Зависимость возникает из-за взаимной ёмкости. Можно бороться с этими искажениями, уменьшая выходное сопротивление ключей, которые работают на эти ёмкости. Когда я работал с ПЗС, мы ставили EL7457. Или можно поискать подходящий драйвер MOSFET из наличного, их море. До конца вряд ли уберёте, да это и не нужно.
Копать я бы начал с многократной проверки соответствия временных диаграмм, не только перекрытий, а всего.
И ещё: если на матрицу падает слишком много света, то сигнал будет расплываться. Получится вообще непонятно что. Можно попробовать поставить перед ней объектив с диафрагмой и ловить те самые щели. Свет Ваша матрица видит, как я понял, это уже успех.
