[genseq 0]

В 22.10.2022 в 21:46, vov4ick сказал:

Подозреваю что точность 99% получается за счёт амплификации исходной ДНК и множественного параллельного секвенирования, чего раздаботчики нанопоры, я так думаю, хотели избежать.

Авторы этой прошлогодней статьи не столь оптимистичны. Где вы прочитали про 99% ?

Например, здесь: https://nanoporetech.com/accuracy

[genseq 0]

И здесь: https://www.businesswire.com/news/home/20221023005056/en/Oxford-Nanopore-Opens-Genomics-Market-With-PromethION-2-Solo-The-World’s-First-Portable-High-Yield-Sequencer-Providing-Comprehensive-DNA-Analysis-for-Anyone-Anywhere

[iiv 18]

4 hours ago, genseq said:

И здесь: https://www.businesswire.com/news/home/20221023005056/en/Oxford-Nanopore-Opens-Genomics-Market-With-PromethION-2-Solo-The-World’s-First-Portable-High-Yield-Sequencer-Providing-Comprehensive-DNA-Analysis-for-Anyone-Anywhere

Да, классно, что люди в Оксфорде что-то делают и я рад, что у них так клево получается.

 

Но вот у меня к вам вопрос, а вы сами на своем столе что получаете, пусть даже на штопанных ячейках, пусть со стыренным софтом и, пусть, с клонированным/тыренным железом? В этом-то вопрос, который всех тут будет интересовать, чтобы понимать как (и стоит ли) вам с этим помогать.

 

То есть, сугубо ИМХО, на этом форуме многие участники готовы помогать, если вы действительно что-то свое разрабатываете, а если просто копируете - это, скорей всего правильнее размещать в разделе "предлагаю работу".

[genseq 0]

В 27.10.2022 в 16:24, iiv сказал:

Но вот у меня к вам вопрос, а вы сами на своем столе что получаете, пусть даже на штопанных ячейках, пусть со стыренным софтом и, пусть, с клонированным/тыренным железом? В этом-то вопрос, который всех тут будет интересовать, чтобы понимать как (и стоит ли) вам с этим помогать.

То есть, сугубо ИМХО, на этом форуме многие участники готовы помогать, если вы действительно что-то свое разрабатываете, а если просто копируете - это, скорей всего правильнее размещать в разделе "предлагаю работу".

Софт "стырить" невозможно, поскольку его можно совершенно бесплатно скачать из Интернета. Оксфордцы для его разработки привлекают программистов со всего мира, поэтому софт пишется в основном на Питоне и вполне доступен для понимания. Проблема в том, что работает такой софт в связке с фирменными серверами. Работать автономно можно только по особому разрешению, но эту проблему удалось решить. Причём сразу тремя различными способами.

С регенерацией бислойной липидной мембраны начинали возиться ещё пару лет назад. Сейчас "лёд тронулся", но эту технологию нужно ещё оптимизировать, отрабатывать и дорабатывать. Встраивание белковых ионных каналов в мембраны тоже нужно отрабатывать, но у нас под боком имеется по крайней мере 6 лабораторий, специалисты которых способны этим заняться. Если не на CsgG, то на множестве модельных трансмембранных белков, на которых они собаку съели (и щенком закусили). Что касается CsgG, то этот белок уже давно клонирован, да и модифицировать его для улучшения считывания ДНК не сложно. Это не слишком сложная проблема (даже для меня). С геликазой проблем нет уже давно. Есть и бактериальные, и дрожжевые рекомбинантные штаммы-продуценты. Так что с разработкой "сырой" части непреодолимых проблем не предвидится. Но есть проблемы с нанопоровыми секвенаторами, которые сейчас в Россию не поставляются. И было бы очень неплохо скопировать устройство, считывающее информацию с регенерируемых ячеек (секвенатор). К сожалению, способные на это специалисты не хотят ничего копировать, а хотят заниматься собственными разработками. Причём только за большие деньги (и за 2...3 года). Надеюсь, что из этого правила найдутся исключения.     

Изменено 28 октября, 2022 пользователем genseq
Описки

[iiv 18]

On 10/28/2022 at 10:18 AM, genseq said:

К сожалению, способные на это специалисты не хотят ничего копировать, а хотят заниматься собственными разработками. Причём только за большие деньги (и за 2...3 года).

их очень можно понять. Я, например, несколько раз в своей области (ЯМР) наблюдал, что разработка своего бывает существенно дешевле по затрачиваемым ресурсам, чем копирование. Возможно у этих специалистов такое же мнение, вот они на это и не готовы. А вы пробовали разместить объявления о работе и поискать тех, кто скопирует и сколько они за такую работу просят? Возможно стоит сравнить вариант копирования и вариант разработки в слепую только по формальным критериям - стоимость и время, и сделать выводы. Просто вы уже давно пытаетесь что-то скопировать/заштопать и, как я понимаю, не сильно получается, может проблема как раз в том, что штопать и копировать все-таки дороже, чем разработать свое? Не?

[genseq 0]

14 часов назад, iiv сказал:

их очень можно понять. Я, например, несколько раз в своей области (ЯМР) наблюдал, что разработка своего бывает существенно дешевле по затрачиваемым ресурсам, чем копирование. Возможно у этих специалистов такое же мнение, вот они на это и не готовы. А вы пробовали разместить объявления о работе и поискать тех, кто скопирует и сколько они за такую работу просят? Возможно стоит сравнить вариант копирования и вариант разработки в слепую только по формальным критериям - стоимость и время, и сделать выводы. Просто вы уже давно пытаетесь что-то скопировать/заштопать и, как я понимаю, не сильно получается, может проблема как раз в том, что штопать и копировать все-таки дороже, чем разработать свое? Не?

Хорошо бы обойтись без копирования. Но тогда не обойтись без разработки загрузки для FPGA. При этом придётся разбираться и с распиновкой ячеечной платы, и с протоколами передачи данных с не имеющего даже краткого описания сенсорного чипа . А это уже задача более высокой сложности. Уверены, что Вам удастся с ней справиться? Если не уверены в своих силах, то буду признателен за контакты непризнанного гения, способного решить эту проблему.

Изменено 30 октября, 2022 пользователем genseq

[controller_m30 1]

Если вот прямо скопировать, то каких-то профессионалов разработки искать не нужно совсем. Отдаёте плату на копирование в Резонит, или какие-там ещё фирмы могут делать копии печатных плат. Заказываете у них платы без деталей - штук 10-20. Далее обращаетесь в мастерскую по ремонту телефонов или материнских плат ПК, с заданием перепаять компоненты "с вот этой платы - на вот эту". Предпочтительнее специалисты именно по мобилкам, так как плата секвенатора и мобилки наиболее похожи, и все инструменты у них есть (паяльные станции с нижним подогревом, микроскоп, флюсы и припои разного назначения, и т.д.) Получаете то о чём мечтали.

Далее испытываете скопированную плату в работе. Если заработало сразу - приступаете к тиражированию. 

 

Если не заработало:

1. Вернуть все компоненты на родную плату, и проверить в работе её. Вдруг компоненты как-то повреждаются при пайке, или мастер их путает (он же ж не робот, как у Оксфордцев...)

2. Если родная плата работает по прежнему, тогда проверить оставшиеся копии плат, и по результатам сделать выводы. Либо менять производителя плат, либо паяльщика, или ещё что-то, ну там по ситуации.

 

А профессионалы разработки тут не нужны. Это как нанимать профессора НИИ, чтобы переписать текст из книжки в тетрадку красивым почерком.

[iiv 18]

On 10/29/2022 at 6:24 PM, genseq said:

Уверены, что Вам удастся с ней справиться?

я к вам ни в проект ни на работу не напрашивался, и не собираюсь, так как в корне концепцию "скопировать" не разделяю. И в 2019 я то же самое вам ваших темах писал.

[krux 8]

iiv

не слушай никого.  Ты сделаешь лучше я уверен. Это качество. Это уровень,

[genseq 0]

Секвенатор MinION скопировать удалось. Российский клон называется "Нанопорус": Институт инженерной физики представил на форуме «АРМИЯ-2023» нанопоровый секвенатор «Нанопорус» : Министерство обороны Российской Федерации (function.mil.ru)

Причём за прошедшие годы в продаже появились б/у-шные приборы. Пока по 60000 руб., но это явно не предел: https://goo.su/ndNoFHg  Со временем они могут ещё подешеветь. Правда, клоны могут стоить меньше 30000 руб., но этим уже трудно кого-то воодушевить. Или не трудно?

Изменено 10 октября, 2023 пользователем genseq
описка

[yes 5]

в любом случае поздравляю, что удалось доделать.

по поводу продажи  б/у

Excludes: 

Barbados, French Guiana, French Polynesia, Guadeloupe, Libya, Martinique, New Caledonia, Reunion, Russian Federation, Ukraine, Venezuela

 

то есть это вполне может быть стимулом - то есть догоняющие развитие, в условиях санкций и т.д. вобщем такое "интелектуальное воровство" считаю допустимым 

но при участии МО РФ как-то сильно сомневаюсь, что по цене удастся побить 

 

[Maxim_S 6]

Когда борешься не с причиной а следствием, тратится очень много ресурсов, ценнейший из которых - Время!

[RobFPGA 27]

7 hours ago, genseq said:

Секвенатор MinION скопировать удалось. Российский клон называется "Нанопорус": Институт инженерной физики представил на форуме «АРМИЯ-2023» нанопоровый секвенатор «Нанопорус» : Министерство обороны Российской Федерации (function.mil.ru)

Так же как и недавно удалось "скопировать" LCD монитор? ... 
Но "копию" монитора хоть и втридорога но купить можно. В отличии от картинки с выставки ...

[vov4ick 35]

Извините, но это очень похоже на распил. Собрались какие-то люди, до этого один занимался распространением разных фуфломицинов, другой производством резиновых изделий (погуглил фамилии), организовали фирму с "институтом" в названии и мигом родили нанопоровый секвенатор, а заодно уникальный препарат, под другим названием применяющийся в медицине аж с 1997 года (по публикациям).

[EdgeAligned 53]

"Кому - война, кому - мать родна"©... В нынешней обстановке это нормально. Лет через 100 расскажут, кто как и сколько нахапал... 

Один рыжий ананопоровец (чубайс) уже свалил, захватив свою долю. Эх, Русь многострадальная, сколько ж дармоедов тебя терзали во все времена...