Quartus никогда не загружает процессор на 100%. Тут действителько важна максимальная частота ядра, а не их количество. Например свой i7 3770K разгонял с 3,5ГГц до 4,9ГГц скорость компиляции была почти в 2 раза быстрее.
Старый Quartus 9.1sp2 самый быстрый, но Stratix V GX там нет.
Для Stratix V GX можно попробывать поставить (10.1, Service Pack 1) или (13.0, Service Pack 1).
Я ставил разные версии с 9-й по 17-ю и проверял скорость компиляции. Сделал вывод - чем новее версия, тем медленнее компиляция.
Проект на Cyclone V компилируется полностью в Quartus 15.1 за ~8 минут, а в Quartus 13.0sp1 за ~5 минут.
Ещё можно ускорить процесс запуская только нужные этапы через TCL-script:
execute_module -tool map
execute_module -tool fit
execute_module -tool asm
Ещё команды для TCL: "asm, cdb, drc, eda, fit, map, syn, pow, sta, stp, sim, si, cpf, ipg"