Для стандартизированых алгоритмов типа AES есть специальные микросхемы, которые и защищать то не надо. А вот фирменные алгоритмы реализуют либо на стандартных контролерах (10%), либо на ASIC(60%), либо на FPGA(30%). Кстати, хорошо что Ты знаешь такой замечательный алгоритм как AES, я их знаю около 3 сотен. И поверь некоторые из них имеют ДЫРЫ, при этом широко используются и реализованы на ПЛИС. На самом деле, даже системы со стойкими алгоритмами (умышленно или случайно) оказываются хлипкими в т.ч. благодаря FPGA.