Незнаю насколько поможет информация, ну вот копался в доках альтеры и в документе Nios II Embedded Design Suite 6.0 Service Pack 1 Release Notes, нашел такие строки
Corrected benign errors when booting from Flash with Stratix II
The following benign errors are no longer displayed by the Flash Programmer when targeting a Stratix II device
and booting from flash.
(SEVERE) elf2flash: Read error: File not found: c:/alt
era/kits/nios2_60/components/altera_nios2
(SEVERE) elf2flash: Error reading boot copier
(SEVERE) elf2flash: Error generating Flash file, exiting
Так что может просто попробовать поновее Nios поставить