Делал подключение без термобарьеров, дублировал подключение во внутренних слоях - тоже напрямую. Никаких проблем не было.
Более того, опираяясь на этот документ:
http://www.xilinx.com/bvdocs/appnotes/xapp157.pdf
делал для "земельных" шариков сплошной полигон на слоях TOP и BOTTOM с целью лучшего теплоотвода. Проблем и возражений со стороны монтирующей организации не было.
По своему опыту скажу, качество запайки зависит не от того есть полигоны или нет, а от того, кто монтирует. Некоторые организации монтировать BGA беруться с радостью, но делать этого не умеют.