Александр,
Судя по всему, Вы говорите об отсутствии возможности конфигурирования Циклона через JTAG.
Но через JTAG можно протестировать плату (а не только конкретный Циклон) на предмет соответствия конкретного изделия "в железе" net-листу, т.е. JTAG здесь задействуется в качестве тестового интерфейса, а не интерфейса для программирования. Можно с локализацией до цепи увидеть проблемы на изделии (КЗ, обрывы, непропаи). В том числе, можно протестировать даже краевые разъемы. Причем, это будет объективный метод контроля, а не субъективный.