Спасибо за наводку. У меня, кстати, были мысли по способу организации защиты. На месте автора я бы включил (отключаемую стиранием) защиту от чтения. В загрузчике бы держал ключи для расшифровки содержимого SPI флэшки. И работал бы из "нечитаемой" оперативки. Я предполагаю, что данные уровни защиты есть в чипе, даже без читки мануала. Иначе, я бы и сам не выбрал данный чип для проекта. Безвозвратную защиту от чтения я бы включать не стал, ибо риск выкинуть чип в мусор при любой ошибке был бы очень велик.
В версии устройства на STM32 автор использовал (отключаемую стиранием) защиту от чтения. Отсюда и моё предположение по защите в новой версии устройства (на основе RT1052). Если предположение верно, то подцепиться к чипу, всё-таки, можно. Кнопочка переключения режимов загрузки тоже на это намекает.