Если фазовый сдвиг равен периоду - считай, равен нулю.
Теперь по поводу АЦП.
Как правило в ацп режим работы схемы управления может выбираться, делая ацп либо в качестве подчиненного, либо в качестве активного устройства на шине. Если несколько ацп, то понятно какой режим предпочтительней. Если такой возможности нет (в чем очень самневаюсь), то вам нужно делать промежуточную схему (возможно с регистром) для согласования шины, скоростей, и времени считывания (хотя это справедливо для обоих случаев). Здесь надо будет привезать фронт одного клока к другому с учетом фазового сдвига (двух тригеров будет достаточно), тогда гонок не будет. При необходимости в ПЛИС можно внести нужные задержки.