Jump to content

    

Мультиплексорный нанопоровый (монопоровый) секвенатор

Мне очень хочется верить всему, что здесь пишут специалисты. И, тем более, Гуру, в которых нужно верить как в святых. Но что-то не верится. Например: Гуру _pv

53 минуты назад, _pv сказал:

у усилителя из статьи 100пА шума при 100кГц полосы на 100пФ датчике. (Fig. 3)

В статье на рис. 3 показаны графики сравнения токов, регистрируемых Axiopatch200B и OpenPicoAmp, на тестовых сопротивлениях (10 kOhm) при разных ёмкостях (1, 10 и 100 pF). Токи при 100 pF и частоте 100 kSPS там, действительно, достигают 100 pA (I rms), но это не разброс (шум), а сила тока (его среднеквадратичное значение). Данные по шумам при 5 кГц приведены на странице 9. При 10 pF шум у Axiopatch200B равен 0,20 pA, а у OpenPicoAmp - 0,47 pA (среднеквадратичные значения). При 100 pF значения шумового тока у них примерно одинаковы (2,0 и 2,1 pA). И при чём здесь "из статьи 100пА шума"?   

1 минуту назад, alexunder сказал:

Тогда с лучше начать с 16-канального устройства и добиться повторяемости результатов в такой системе.

Полностью с Вами согласен. Несмотря на Ваш статус новичка. 

1 час назад, Plain сказал:

Измеряется переменный ток, но автору нужен усилитель постоянного, с сопутствующими тому достижениями народного хозяйства.

В схеме с трансимпедансным усилителем ток не переменный, а пульсирующий. Причём с высокой частотой, что позволяет рассматривать его как постоянный. По крайней мере при секвенировании ДНК, когда на смещение каждого нуклеотида приходится несколько импульсов (или даже десятков импульсов). 

В схеме с интеграторами зарядов ток тоже пульсирующий. Но с меньшей частотой, определяемой переключением из режима накопления заряда в его инжекцию на операционный усилитель. 

Share this post


Link to post
Share on other sites
20 minutes ago, genseq said:

Токи при 100 pF и частоте 100 kSPS там, действительно, достигают 100 pA (I rms), но это не разброс (шум), а сила тока (его среднеквадратичное значение). Данные по шумам при 5 кГц приведены на странице 9. При 10 pF шум у Axiopatch200B равен 0,20 pA, а у OpenPicoAmp - 0,47 pA (среднеквадратичные значения). При 100 pF значения шумового тока у них примерно одинаковы (2,0 и 2,1 pA). И при чём здесь "из статьи 100пА шума"?   

 

так это тоже шум, только RMS, то бишь среднеквадратичный. Шум рапортуют как правило либо peak-to-peak, либо rms.

На всякий случай прицепляю журнальный вариант этой же статьи, т.к. там аннотации к картинкам находятся в нужном месте в отличие от препринта.

 

20 minutes ago, genseq said:

Полностью с Вами согласен. Несмотря на Ваш статус новичка. 

Спасибо за доверие :) Не обижайтесь на критику, тут все пытаются Вам помочь.

shlyonsky2019.pdf

Share this post


Link to post
Share on other sites
19 минут назад, genseq сказал:

ток не переменный, а пульсирующий

Ток сигнала переменный, а его частота намного больше частоты помех, т.е. дрейфа смещения, однако Вы продолжаете настаивать, что требуется усиливать всё — пора бы уже сказать, зачем оно Вам.

 

Повторю план — 8 интеграторов, 8-канальный ЦАП смещений, 8-канальный АЦП и 8-разрядный микроконтроллер, выгоняющий цифровой результат в систему сбора, всё на тонкой плате собирается недели за две из бытовухи, которая уже в наличии в магазинах РФ на данный момент. После отладки, можно плодить таких узлов тысячами под любой размер датчика — от такого опта и простоты всё будет лишь дешеветь.

Share this post


Link to post
Share on other sites
16 minutes ago, genseq said:

В статье на рис. 3 показаны графики сравнения токов, регистрируемых Axiopatch200B и OpenPicoAmp, на тестовых сопротивлениях (10 kOhm) при разных ёмкостях (1, 10 и 100 pF). Токи при 100 pF и частоте 100 kSPS там, действительно, достигают 100 pA (I rms), но это не разброс (шум), а сила тока (его среднеквадратичное значение).

на картинке нарисованы шумы усилителей, среднеквадратичные значения.

если всё же считаете что данные деятели решили проверить закон Ома и нарисовали ток через ёмкость в зависимости от частоты, ну даже не знаю, найдите что ли описание картинок, они там на отдельной странице.

 

22 minutes ago, genseq said:

Данные по шумам при 5 кГц приведены на странице 9. При 10 pF шум у Axiopatch200B равен 0,20 pA, а у OpenPicoAmp - 0,47 pA (среднеквадратичные значения). При 100 pF значения шумового тока у них примерно одинаковы (2,0 и 2,1 pA). И при чём здесь "из статьи 100пА шума"?  

100пА шума при том, что столько нарисовано на графике когда ёмкость сенсора 100пФ, а полоса 100кГц. для меньшей полосы будет меньший шум,

не нравится 100кГц, ну посчитайте шумы DDC316 для 5 кГц будет тоже около пары пА.

Share this post


Link to post
Share on other sites
В ‎25‎.‎11‎.‎2019 в 17:59, alexunder сказал:

На всякий случай прицепляю журнальный вариант этой же статьи, т.к. там аннотации к картинкам находятся в нужном месте в отличие от препринта.

Спасибо за статью. С ней разбираться лучше, чем с препринтом.

В ‎25‎.‎11‎.‎2019 в 18:22, _pv сказал:

на картинке нарисованы шумы усилителей, среднеквадратичные значения.

Прошу прощения за непонимание. Вы совершенно правы. Это шумы. И если DDC316 не так уж и плох, то нужно ориентироваться именно на него (16 каналов, 16 разрядов АЦП). Или на его ближайшие аналоги, поставляемые к Россию.

В ‎25‎.‎11‎.‎2019 в 18:20, Plain сказал:

Ток сигнала переменный, а его частота намного больше частоты помех, т.е. дрейфа смещения, однако Вы продолжаете настаивать, что требуется усиливать всё — пора бы уже сказать, зачем оно Вам.

 Изо всех сил стараюсь понять, о чём идёт речь. И не понимаю. Ток не может быть переменным. Он всегда однонаправленный, хотя может пульсировать из-за изменения проводимости нанопоры. При этом напряжение на мембране может быть не постоянным, а пульсирующим. При переменном напряжении (и переменном токе) ДНК не будет двигаться через нанопору.

И почему Вы считаете синонимами "дрейф смещения" и "частоту помех"? И вообще, что обозначают эти термины? 

Похоже, всё дело в значении используемых Вами терминов. Я их понимаю как-то иначе. 

Share this post


Link to post
Share on other sites
45 minutes ago, genseq said:

Ток не может быть переменным. Он всегда однонаправленный, хотя может пульсировать из-за изменения проводимости нанопоры.

Если у Вас есть уже измеренный сигнал (сторонним прибором), посмотрите что является информативным, а что "фоном", постройте спектр сигнала и, например, увидите, что в НЧ области ничего "интересного" нет, поэтому и "сохранять" НЧ при обработке не нужно.

Share this post


Link to post
Share on other sites

Create an account or sign in to comment

You need to be a member in order to leave a comment

Create an account

Sign up for a new account in our community. It's easy!

Register a new account

Sign in

Already have an account? Sign in here.

Sign In Now