Попробуйте Options->Layout Options-> вкладка Layout - раздел Snap Together - автоматический режим изменить на ручной.
Так же можно снять галку "Auto-snap parameterized subcircuits.
И еще, если Вы установили элементы на свои места, а они после каких-то действий снова съехали в кучу, можно отменить последнее действие на топологии, все должно починиться 🙂