1) Самое главное, чтобы целостность цепей проверялась через межплатные разъёмы соединительные (ну или через кабель, их соединяющий). Видимо да, таблица соединений может задавать какие PAD одной платы с какими PAD на другой плате в итоге соединяются.
2) BOM – желательно опцию: либо раздельные списки/excel-файлы на каждую плату, либо общий BOM
3) Правила – тоже опционально. Либо общие на проект, либо на каждую плату, т.к. часто есть комбинация основная - дорогая и сложная плата и довесок – простая и дешевая.
