Да, действительно метод iosfik'a интересен, надо будет попробовать. Но вот вашу мысль, если честно, не уловил. Вроде бы пересечения клоковых доменов не наблюдается ( если говорить о сигналах clk_5MHz и clk_250MHz - они генерируются из 200MHz system clock через MMCM). Но в любом случае, как можно обойтись без clk_5MHz, если это, грубо говоря, управляющий сигнал и по его фронту начинается отсчет. Про разрядность счетчика тоже вопрос.
Можно раскрыть подробнее, что вы имели в виду)