discio это всего лишь интерфейс доступа к физическому хранилищу для FatFS, где будет лежать ваша ФC вы тут и решаете, реализуя соответствующие функции. Если ATA не будет использоваться, просто выкиньте их из этого файла и перепишите его для взаимодействия с SD.
А ошибки выдает линковщик, который не может найти эти функции в объектных файлах, *.о которые.