Не забывайте делать задержку после включения ADC битом ADEN на время затухания переходных процессов, задержку после переключения канала, необходимую для разряда Sample-Hold-ёмкости, чтобы избежать взаимовлияния каналов. Если же у Вас выходное сопротивление источника сигнала низкое то по-любому результаты первого после переключения канала АЦП лучше выбросить