Очень жаль, что конкретные вопросы MHC остались без ответа, а обсуждение перевелось на тему нужно, не нужно!
Что касается лишних панелей, то я закрываю не нужные и сохраняю layout (Layout/Save Layuot As...). Правда не знаю, как сделать сохраненный вид, видом по умолчанию, а приходится после загрузки проекта загружать и вид (Layout/Load Layout), но это все равно удобнее, чем каждый раз закрывать "лишние" панели.
С размером шрифта в именах цепей - проблема. Самого достало до печенок. Началась эта бодяга с ISE 13.1. По умолчанию на листе назначен размер шрифта 28pt, а после сохранения схемы и повторного открытия все имена цепей пишутся 16pt. Если перед сохранением схемы поменять размер шрифта на листе (я делаю так: выбор - Attributes windows only, в свойствах объектов задаю размер шрифта), то после сохранения схемы (а это формат XML) в файле появляются атрибуты fontsize и fontname , а размер шрифта остается заданным, при последующем открытии схемы. Надеюсь программеры Xilinx исправят этот глюк, но в ISE 13.2 он все еще присутствует.