Что касается алгоритма программирования, то он описывается стандартом IEEE 1532 и представляет собой ISC state-автомат в виде надстройки над стандартным TAP автоматом. Подробности можно найти в самом стандарте или в краткой форме в описаниях от производителей. У Xilinx, например, подробное описание алгоритма загрузки приводится в Platform User Guide отдельно по каждой платформе.
Кто-нибудь знает, где можно достать стандарт IEEE 1532 безвозмездно?