У меня было такое, былa плохо пропаянная флешка. Все работало пока грузил FPGA напрямую, попробовал записать флешку - облом на верифакации, потом все сдохло, FPGA жутко греется если грузиться с флеша и не работает, если грузиться напрямую. Флешка была XCF02S, FPGA - ХC3S200. Заменой флешки не вылечилось, но помогло заменить FPGA + флэшку :(
