Прошу прощения, но тут Вы не правы...
Спокойно можно свопить разршенные гейты даже если они упакованы в разные корпуса ....
дл этого надо ничего не выбирая нажать кнопку Swap Gates, потом F2, в окне в Types выбрать Symbol Gate Groups , и указать какой пин Вы хотите отсвопить. Подсветятся все разрешенные к сданному свопу пины...
желаю удачи