Экспериментировал с отключениями одного из ядер в STM32CubeProgrammer за это отвечают option bits -> BC4 и BC7 для M4 и M7 соответственно. После установки BC7 в 0 ST-LINK перестал распознавать МК, появилась ошибка Error: No STM32 target found! и txt файл с ошибкой при подключении. Предлагаемый вариант подключения к плате с установкой пина BOOT0 в 1 на плате не помогли (но всё же стоит попробовать, т.к. методом тыка и бубна порядок действий, решивших проблему сложно восстановить).
Решение проблемы нашлось случайно, получилось подключиться к плате, выбрав следующие настройки для ST-LINK в STM32CubeProgrammer:
Frequency: 8000
Mode: Power down
Access port: 3 (решающая)
Reset mode: Core reset
и выключен Debug Low Power mode
