У этого товарища на гитхабе упоминается интересная утилита ftdi-eeprom которая позволяет сливать и заливать eeprom, с помощью неё влил eeprom от ft2232 на плату с ft4232 и она прошивает под ISE и Quartus.
Так же в коментах есть ссылка на проект программатора github, есть схема, плата и три бинарника hs2, smt1, lattice для прошивки.