Да точно пины.
После некоторых еще попыток и перезапуска альтиума вроде заработало.
Может ли быть такое, что нельзя называть пины и соответственно контакты посадочного места по типу A1(1) или 1(7). После того как убрал скобки, и то что в них, цепи вроде нормально стали назначаться, связи появились.
На пины не назначалась цепь почему то автоматически, но в ручную можно было спокойно поставить и связь появлялась.