Из вашего программного кода ничего не понятно. Зачем Вам таймер, если вы его не используете!!! Абсолютная бессмыслица. Как правильно уже было сказано ILYAUL, такие вещи делаются через прерывания. И дебагу от AVRStudio доверять не стоит. Есть такой прибор осциллограф называется)))
