Открыл, посмотрел, как делал я. Сейчас практически всегда светодиоды подключены либо транзистором, либо микросхемой-буфером. В старых проектах - светодиод напрямую, без доп. резистора (согласен, это действительно так себе, потому что мне, скорее всего, везло с тем, что у LED весьма большое падение было).
А еще делал вместо индикации DONE индикацию NO DONE - т.е. светодиод менял на красный, и подключал цепочкой 3.3V -> 330 Ом -> FPGA_DONE. Но это, скорее, потому, что на плате много всяких индикаторов, и проще смотреть что сдохло, а не то, что запустилось и работает нормально.