Все что Вы описали это я и так учитываю..
Я делаю процедуру выхода из машины(поднят ручник, выключено зажигание-двигатель продолжает работу, ввыхожу из машины и ставлю на сигналку - двигатель глохнет, разрешение на автозапуск есть)
по части автозапуска я делаю так: по доп каналу сигнализации(открытие багажника) поступает сигнал на МК, замыкаю концевик багажника(как будто он открыт, тем самым отключается датчик удара), обхожу все блокировки, включаю зажигание и моргаю дальним, включаю стартер - машина завотидся..
Мне нужно только разработать контроль работы двигателя и контроль запуска. С таймерами и счетчиками пока только на Вы, поэтому трудности))