АЦП пишет в промежуточный буфер, далее проверяем количество записей. Если количество соответствует, переписываем их в кольцевой буфер. Придется добавить еще один буфер и еще один ДМА.
И еще вопрос, по каким причинам АЦП может не выдать байт?
можно сделать проверку, что если какой то канал не выдал данные тогда принудительно выставить какое то значение.