Так как я реализовывал Dual CDC на ATxmega и на STM32, могу сказать вам, что на первом это делается за пару строчек кода, во втором случае, провозился почти месяц разбираясь в HAL'овских библиотеках, которые достаточно запутанные. Я считаю, что лучше выбрать другой МК, сэкономить время и не изобретать велосипед.