Есть вывод MCO, на который можно вывести сигнал с одной из внутренних частот процессора, далее уже измерить.
Все упомянутые частоты строго математически взаимосвязаны через деление и умножение на заранее известные числа:
Таким образом, частота таймера = f(частота тактирования), соответственно частота_тактирования = g(частота_таймера).