Возможно когда-нибуть Altium и сделает что-то стоящее, но пока все очень сыро. Красиво, наглядно, но очень сыро. Конечно это что касается FPGA. А PCB вроде ничего, все таки опыт PCADа за плечами. Если хотите NIOS, то берите лучше софт от Альтеры. Родное к родному лучше тянется