Думаю, что причина в том, что на практике он не нужен, поэтому-то Atmel его и не доделывает.
Я когда отлаживал обошелся COM-портом и этим ... как его .... мозгом. :rolleyes:
JTAGICE, тоже, фактически не пригодился, включал всего пару раз, из любопытства.
Он больше нужен для душевного спокойствия, вдруг внутренний загрузчик прибьешь случайно. :unsure: