[il96 0]

в Пикаде 2006 есть Design manager и в PCb, и в Schematic (Ctrl-M), попробуйте визуально сравнить и цепи и компоненты, бывает, что переименование переносит часть лог.элементов в другие корпуса, при переименовании надо ставить галочку "Keep parts together". Можеть что-нибудь с этим связано?

[IQ3 0]

Пикадовское ECO ОЧЕНЬ чувствительно к последовательности операций. Имена даются автоматически без проверки, поэтому много ошибок при больших изменениях. Например порванная цепь автоматом нумеруется в две с разными номерами, и если забыть почистить кусочки будет ошибка. И еще много всего бывает. Следите за руками. И старайтесь пользоваться короткими записями, т.е. вносить изменения маленькими кусочками.