[new123 0]

Я кстати эту частоту со слота беру тоже. Не будет частоты на слоте - не будет pci. То есть и на refclk подаю ее и на ваш подобный clkusr. Не нагружаю лишний раз pll на плате

[ChinasFanat 0]

Дело в том, что до сих пор, ставить или не ставить реконфигруационный контроллер решал разработчик ПЛИС. До 5 Гбит он был не нужен в принципе и мы этим пользовались. 
Интел же устроил саботаж по сути))) внеся его безальтернативно и придумав для него входной клок.